KERAGAMAN MOLEKULER PURING (Codiaeum variegatum (L.) Rumph. ex A. Juss) DENGAN PENANDA RAPD

https://doi.org/10.22146/veg.9279

Monika Andreastuti Kusumaningrum(1*), Aziz Purwantoro(2), Rudi Hari Murti(3)

(1) 
(2) Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada
(3) Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada
(*) Corresponding Author

Abstract


Tanaman puring (Codiaeum variegatum (L.) Rumph. ex A. Juss) adalah tanaman hias yang memiliki nilai jual tinggi. Tanaman puring juga memiliki manfaat sebagai tanaman berkhasiat obat dan dapat menyerap unsur timah hitam yang berasal dari sisa pembakaran bahan bakar kendaraan bermotor (2,05 mg/lt). Bentuk, warna, dan corak daun tanaman puring sangat beragam. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui besarnya keragaman genetik, menghitung jarak genetik, dan menduga adanya alel spesifik pada tanaman puring. Sampel DNA diektraksi dari daun 20 kultivar tanaman puring. Metode PCR menggunakan 10 primer yaitu OPA-02, OPA-03, OPA-14, OPA-16, OPA-18, OPA-20, OPB-08, OPB-19, OPD-05, dan OPH-18. Hasil amplifikasi menunjukkan tingkat polimorfisme yang cukup tinggi. Persentase lokus polimorfik dan nilai heterosigositas harapan (He) paling tinggi ditunjukkan oleh kultivar tanaman puring dengan daun yang berwarna kombinasi hijau-merah yaitu 56,60% dan 0,190. Kultivar yang berlabel H1 dengan HK1 memiliki hubungan kekerabatan paling dekat diantara kultivar lain, sedangkan kultivar  yang  berlabel HK3 dengan HKM5 dan kultivar berlabel HK5 dengan HKM4 memiliki hubungan kekerabatan paling jauh diantara kultivar lain. Hasil dari dendogram UPGMA dan PCoA (Principal Coordinates Analysis) menempatkan 20 kultivar kedalam 2 klaster dan salah satu klaster ditempati oleh kultivar dengan daun yang berwarna kombinasi hijau-kuning-merah. Dari seluruh kelompok warna pada sampel, alel spesifik yang dapat terdeteksi pada satu kelompok/populasi warna hanya terdapat pada kelompok HKM yaitu pada OPD 05-1400 dan OPH 18-300.



References

Cambie, R. C dan J. Ash. 1994. Fijian Medicinal Plants. CSIRO. Australia.

Deng, M., Chen, J., Henny, R.J, dan Li Q. 2010b. Genetic Relationships of Codiaeum variegatum Cultivars Analyzed by Amplified Fragment Length Polymorphism Markers. HortScience 45, 868–874.

Lowe A., S. Haris, dan P. Ashton. 2004. Ecological Genetis: Design, Anlysis, and Application. Blackwell Publishing. United Kingdom.

Mollick A. H, S. Hossan, A. K. Paul, M. Taufiq-Ur-Rahman, R. Jahan, dan M. Rahmatullah. 2010. A Comparative Analysis of Medicinal Plants Used by Folk Medicinal Healers in Three Districts of Bangladesh and Inquiry as to Mode of Selection of Medicinal Plants. Ethnobotany Research & Applications 8:195-218.

Moundipa, P. F, K. G. M. Flore, C. F. B. Bilong, dan I. Bruchhaus. 2005. In Vitro Amoebicidal Activity of Some Medicinal Plants of The Bamun Region (Cameroon). Afr. J. Trad. CAM (2005) 2 (2): 113 – 121.

Nei, M. 1972. Genetic Distance Between Populations. American Naturalist 106: 283- 292.

Nei, M. 1973. Analysis of Gene Diversity In Subdivided Population. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 70: 3321-23.

Peakall, R. dan P.E. Smouse. 2005. GenAlEx: Genetik Analysis in Excel. Population Genetics software for teaching and research.Australian Antional University, Canberra, Australia.

Robert, A., L. Shorley, dan A. Leslie. 1988. The Palauan and Yap Medicinal Plant Studies of Masayoshi Okabe. ATOLL Res. Bull., No. 317.

Safoon, N., R. Uddin, N. Subhan, H. Hossain, H. M. Reza. and A. Alam. 2014. In Vitro Anti-oxidant Activity and HPLC-DAD System Based Phenolic Content Analysis of Codiaeum variegatum Found in Bangladesh. Adv Pharm Bull, 2014, 4 (Suppl 2): 533-541.

Stewart dan Neal, C. Jr. 1996. Rapid DNA Extraction from Plants. Chapter III. WHO Regional Publication. 2009. Medicinal Plants in Papua New Guinea. WHO Press. Geneva.

Williams, J.G.K., A. R. Kubelik, K. J. Livak, J. A. Rafalski, dan S. V. Tingey. 1990. DNA Polymorphisms Amplified by Arbitrary Primers Are Useful As Genetic Markers. Nucleic Acids Res 18: 6531-6535.



DOI: https://doi.org/10.22146/veg.9279

Article Metrics

Abstract views : 6220 | views : 3771

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2016 Jurnal Budidaya Pertanian



VEGETALIKA journal indexed by: 

 

       

  

View My Stats