Perbandingan Nilai Pengukuran Kuantitatif Isolat Asam Ribonukleat (RNA) Menggunakan Spektrofotometer Nanodrop dan Mikrodrop pada Sampel Hepar Ayam (Gallus gallus domesticus)

https://doi.org/10.22146/ijl.v0i3.87900

Siska Devi Kusumawati(1*), Ikhwan Hadianto(2), Nurlatifah Nurlatifah(3), Adella Alayda Pracoyo(4), Novia Ayu Handayani(5)

(1) Universitas Gadjah Mada
(2) Universitas Gadjah Mada
(3) Universitas Gadjah Mada
(4) Universitas Gadjah Mada
(5) Universitas Gadjah Mada
(*) Corresponding Author

Abstract


Asam ribonukleat (RNA) merupakan asam nukleat rantai tunggal hasil transkripsi dari asam deoksiribonukleat (DNA) dan berperan dalam proses ekspresi gen. Kuantifikasi isolat RNA total termasuk analisa rutin yang dilakukan sebelum melakukan analisis lebih lanjut terhadap RNA. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbandingan nilai pengukuran konsentrasi dan kemurnian hasil isolasi RNA dari hepar ayam menggunakan spektrofotometer UV-Vis dengan mikrodrop plate dan nanodrop. Analisis kuantitatif dilakukan pada 21 sampel hasil ekstraksi RNA dari hepar ayam dengan perhitungan kemurnian dan konsentrasi yang didapatkan dari hasil pembacaan absorbansi pada spektrofotometer nanodrop dan mikrodrop pada panjang gelombang 230, 260, 280, dan 320 nm. Hasil penelitian menunjukkan terjadi perbedaan yang signifikan pada parameter konsentrasi, kemurnian 260/230, dan kemurnian 260/280 dengan nilai signifikansi p < 0,05 melalui uji statistika Wilcoxon Signed Rank Test. Mikrodrop dapat digunakan sebagai alat untuk kuantifikasi RNA dengan nilai konsentrasi yang lebih tinggi dari nanodrop dan nilai kemurnian yang lebih rendah dari pada nanodrop.

 


Keywords


Hepar; Nanodrop; Mikrodrop; RNA

Full Text:

PDF


References

Ahmad, J. 2021. Re: What ng/ul should be the minimum amount of DNA isolated for PCR?. (Online). Tersedia di: https://www.researchgate.net/post/What_ng_ul_should_be_the_minimum_amount_of_DNA_isolated_for_PCR/60d5c61953c24348b03fd385/citation/download. Diakses tanggal 1 Juni 2023 jam 23.30

Amanda, U. D dan I. C. Cartealy. 2015. Isolasi RNA total dari mesokarp buah kelapa sawit (Elaeis guineenssis Jacq. var. Tenera). Proseding Seminar Nasional Masyarakat Biodiversitas Indonesia.1: 171-176.

Anonim. 2023. MaestroNano® Pro Spectrophotomete. (Online). Tersedia di : https://manualzz.com/doc/34313891/maestronano%C2%AE-pro-spectrophotometer. Diakses tanggal 1 Juni 2023 jam 20.15 WIB.

Aprianto, M. A. 2023. Pengaruh Suplementasi Minyak Black Soldier Fly Larvae (Hermetia illucens L.) Tersaponifikasi Kalsium Terhadap Performan, Profil Biokimia Darah, Kualitas Daging dan Ekspresi Gen Metabolisme Lemak Pada Ayam Broiler. (Tesis Magister, Universitas Gadjah Mada)

Desjardins, P. R., dan D. S. Conklin. 2011. Microvolume quantitation of nucleic acid. Current Protocols in Human Genetics. 93(1):1–16.

Dewanata, P. A., & Mushlih, M. 2021. Differences in DNA Purity Test Using UV-Vis Spectrophotometer and Nanodrop Spectrophotometer in Type 2 Diabetes Mellitus Patients. Indonesian Journal of Innovation Studies, 15, 10-21070.

Felipe, S. M. D. S., Pacheco, C., Martins, J. E. R., Freitas, R. M. D., Oliveira, P. E. G. D., Mendes, S. V. D., ... & Ceccatto, V. M. 2023. Optimization of RNA Extraction Protocol for Rat Skeletal Muscle Samples. Journal of Applied Life Sciences International, 26(1), 10-16.

Gallagher, S. R. 2011. Quantitation of DNA and RNA with absorption and fluorescence spectroscopy. Current Protocols in Molecular Biology, 93(1), A-3D.

Iswahyudi, A. V. Purba and S. Setyahadi. 2018. Pengaruh interaksi ekstrak etanol meniran (Phyllanthus niruri L.) dengan glibenklamid terhadap ekspresi gen CYP3A4 pada kultur sel HepG2. Jurnal Sains Farmasi & Klinis. 5(3): 147–153.

Khansa, K. 2022. PENGARUH ETANOL TERHADAP EKSPRESI GEN ANTIOKSIDAN sod1 DAN sod2 PADA Drosophila melanogaster = THE EFFECT OF ETHANOL ON sod1 AND sod2 ANTIOXIDANT GENE EXPRESSION IN Drosophila melanogaster. Skripsi. Universitas Hasanuddin.

Koetsier, G., & Cantor, E. 2019. A practical guide to analyzing nucleic acid concentration and purity with microvolume spectrophotometers. New England Biolabs Inc, 1-8.

Mafruchati, M. 2023. Ekspresi Gen dan Teknik Biologi Molekuler untuk kajian veteriner. Sidoarjo: Zifatama Jawara.

Okanti, J. R., Putri, D. H., & Fathoni, A. 2020. Analysis Of ZDS and LCYb Enzyme Coding Gene Related To Beta Carotene Bioshynthesis in Cassava (Manihot esculenta Crantz) using Reverse transcription PCR (RT-PCR). Bioscience, 4(1), 01-10.

Razali, N. M., & Wah, Y. B. 2011. Power comparisons of shapiro-wilk, kolmogorov-smirnov, lilliefors and anderson-darling tests. Journal of statistical modeling and analytics, 2(1), 21-33.

Sambrook, J. dan Russel, D.W. 2021. Molecular cloning, a laboratory manual: Edisi III. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Sudjana, 2005. Metoda Statistika Edisi 6. Bandung: Tarsito

Sukumaran, S. 2011. Concentration determination of nucleic acids and proteins using the micro-volume bio-spec nano spectrophotometer. Journal of Visualized Experiments. 48:1–5. doi: 10.3791/2699

Sumbono, A. 2021. Asam Nukleat: Seri Biokimia Pangan Dasar. Sleman : Penerbit Deepublish..

Surya, W. A., Ali, H., & Aprilia, D. (2023). Pengaruh Ekstrak Kemangi (Ocimum basilicum) Terhadap Ekspresi Interleukin-6 Tikus Diabetes Melitus Gestasional. Jurnal Ilmu Kesehatan Indonesia, 4(2), 109-114.

Taylor, S., Wakem, M., Dijkman, G., Alsarraj, M., & Nguyen, M. 2010. A practical approach to RT-qPCR—publishing data that conform to the MIQE guidelines. Methods, 50(4), S1-S5.

Thermo Scientific. 2020. μDrop and μDrop Duo Plates: User Manual. (Online). Tersedia di : https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/N12391. Diakses tanggal 1 Juni 2023 jam 21.30 WIB.



DOI: https://doi.org/10.22146/ijl.v0i3.87900

Article Metrics

Abstract views : 93 | views : 52

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2023 Indonesian Journal of Laboratory

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.


 

View My Stats