Keanekaragaman Padi (Oryza sativa L.) Berdasar Karakteristik Botani Morfologi Dan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Abstract

Keanekaragaman padi (Oryza sativa L.) tersimpan dalam koleksi plasma nutfah yang harus dilestarikan dan dievaluasi, keanekaragaman tersebut dapat dilihat berdasarkan karakter fenotipe dan genotipenya. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan karakter botani-morfologi dan mengkaji keragaman genotipe aksesi padi koleksi Jurusan Budidaya Pertanian Fakultas Pertanian UGM, serta mengkaji hubungan kekerabatan diantara aksesi-aksesi yang ada berdasarkan informasi karakter fenotipe dan keragaman penanda genetik. Untuk mengetahui keanekaragaman genetik padi koleksi digunakan 25 aksesi padi yang terdiri dari ras-ras lokal, material eksotik, dan kultivar terperbaiki untuk dikarakterisasi pada 15 sifat agrobotani-agromorfologinya dan genotipenya dengan menggunakan 8 primer RAPD. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 15 sifat agrobotani-agromorfologi diperoleh keanekaragaman aksesi yang terlihat dari nilai CV (koefisien keanekaragaman), pada level genotipe keanekaragaman terlihat pada persentase lokus polimorfik dan nilai keragaman genetik Nei. Hasil analisis kekerabatan sifat agrobotani-agromorfologi pada jarak kurang dari dua diantara cluster centroids terbentuk kekerabatan antara ‘Sintanur’ – Mentik Susu, dan H3 – ‘IR 64’. Pengujian molekuler menunjukan pada jarak genetik 0,035 populasi terbagi menjadi 9 kelompok yang berdekatan, yaitu kelompok I (‘Anak Daro’, Lembayung Gogo), kelompok II (Mayangsari, Gadung Mlathi), kelompok III (‘Pokkali’, ‘Mentik Susu’), Kelompok IV (Ketan, H3), kelompok V (‘Lumbuk’, Andel Abang), kelompok VI (‘Sintanur’, ‘Amaroo’), kelompok VII (‘Nipponbare’, H2 Bulu), kelompok VIII (Ketan Hitam Bulu, Ketan Hitam Gundil), kelompok IX (‘Bluebonnet’, ‘IR 64’ Simpangan). Dari semua aksesi yang dilibatkan terlihat bahwa 44% adalah golongan indica, 49% golongan japonica, dan 7% adalah golongan Aromatik.