Analisis Penanda Tunggal Karakter Agronomi dengan Marka Mikrosatelit pada Tanaman Padi ( Oryza sativa  L.)

Idayatul Hanifa; Rani Agustina Wulandari; Muhammad Habib Widyawan

doi:10.22146/veg.62704

Analisis Penanda Tunggal Karakter Agronomi dengan Marka Mikrosatelit pada Tanaman Padi (Oryza sativa L.)

https://doi.org/10.22146/veg.62704

Idayatul Hanifa⁽¹⁾, Rani Agustina Wulandari^(2*), Muhammad Habib Widyawan⁽³⁾

(1) Universitas Gadjah Mada
(2) Universitas Gadjah Mada
(3) Universitas Gadjah Mada
(*) Corresponding Author

Abstract

Keragaman genetik pada tanaman padi lokal di Indonesia menjadi kunci untuk pemulia tanaman dalam merakit suatu kultivar padi unggul. Keragaman genetik tersebut digunakan untuk perbaikan genetik pada tanaman padi. Marka molekuler bisa menjadi alternatif untuk mengelompokkan plasma nutfah padi sesuai dengan fenotipe dan genotipenya. Marka molekuler juga digunakan untuk mendeteksi lokus-lokus yang mengatur karakter agronomi pada tanaman padi. Penanda mikrosatelit (Simple Sequence Repeat) menjadi penanda molekuler yang banyak digunakan karena sifatnya yang reproducible, kodominan, dan dapat mendeteksi variasi alel yang tinggi. Pemanfaatan peta keterpautan mikrosatelit dalam perakitan varietas baru juga dapat menghemat waktu, tenaga, dan dana . Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keterpautan marka mikrosatelit dengan karakter agronomi melalui Analisis Penanda Tunggal dan untuk mengetahui pengaruh gen mayor maupun gen minor pada setiap karakter agronomi yang diamati. Hasil yang didapatkan dari penelitian ini adalah setiap lokus pada 8 marka yang digunakan memiliki asosiasi dengan 13 karakter agronomi yang berbeda dan setiap lokus yang berasosiasi dengan setiap karakter agronomi tersebut diatur oleh gen mayor karena nilai determinansi R2 > 10%.

Keywords

Karakter agronomi; marka mikrosatelit; analisis penanda tunggal; Asosiasi sifat

Full Text:

PDF

References

Bernier J, Kumar A, Ramaiah V, Spaner D, Atlin G (2007) A largeeffect QTL for grain yield under reproductive stage drought stress in upland rice. Crop Sci 47(2): 507-518. Boopathi NM, Swapnashri G, Kavitha P, Sathish S, Nithya R, Ratnam W, Kumar A (2013). Evaluation and bulked segregant analysis of major yield QTL qtl12.1 introgressed into indigenous elite line for low water availability under water stress. Rice Sci. 20(1): 25–30. BPS. 2015a. Konsumsi Rata–Rata per Kapita Seminggu Beberapa Macam Bahan Makanan Penting, 2007–2014. https://www.bps.go.id/linkTabelStatis/view/id/950. [15 Desember 2020] BPS. 2015b. Produksi (ton) padi 2015. https://www.bps.go.id/site/pilihdata. [15 Desember 2020] Fujita, D., A.G. Tagle, L.A. Ebron, Y. Fukuta, and N. Kobayashi. 2012. Characterization of near-isogenic lines carrying QTL for high spikelet number with the genetic background of an indica rice variety IR64 (Oryza sativa L.). Breed. Sci. 62:18–26. Lin, Meng Hui., C. W. Lin., J. C. Chen., Y. C. Lin., S. Y. Cheng., T. H. Liu., F. J. Jan., S. T. W., F. S. Thseng., H. M. Ku. 2007. Tagging rice drought related QTL with SSR DNA markers. Crop Environment & Bioinformatics (4) : 65-76. Mafaza, Vika Nur., Handoko., Afifudin L.A. 2018. Keragaman genetik karakter morfologi beberapa genotip padi merah (Oryza sativa L.) pada fasse vegetatif dan generatif. Jurnal Produksi Tanaman 6(2) : 3048-3055. Mishra, K. K., Vikram, P., Yadaw, R. B., Swamy, B.P.M., Dixit, S., Cruz, M. T. S. C., Maturan, P., Marker, S., Kumar, A. 2013. qDTY12.1 : a locus with a consistent effect on grain yield under drought in rice. 2013. BMC Genetics. 14 : 1471-2156. Prasetiyono, Joko., Tasliah., Hajrial A., Sugiono M. 2003. Identifikasi marka mikrosatelit yang terpaut engan sifat toleransi terhadap keracunan aluminium pada padi persilangan Dupa x ITA131. Jurnal Bioteknologi Pertanian 8(2): 35-45. Rahman, M.A.A., M.E. El-denary., M.H. Ammar., A.F.,Abdelkhalik., A.E. Draz., S.A. Dora. 2015. QTL validation for grain yield and nitrogen use efficiency under different nitrogen levels in rice. Egypt J. Genet 44: 235-251 Reflinur., Puji. Lestari. 2015. Penentuan lokus gen dalam kromosom tanaman dengan bantuan marka DNA. J. Litbang Pertanian 34(4): 177-186. Solis, J., Gutierrez, A., Mangu, V., Sanchez, E., Bedre, R., Linscombe, S., Baisakh, N. 2018. Genetic mapping of QTL for grain yield under drought in rice under controlled green house conditions. Frontiers in chemistry. 5 (129). Swamy, B. P., Ahmed H. U., Henry, A., Mauleon, R., Dixit, S., Vikram, P., Tilatto, R., Verulkar, S. B., Perraju, P., Mandal, N. P., Variar, M., S. Robin., Chandrababu, R., Singh N. O., Dwivedi, J. L., Das, P. S., Mishra, K. K., Yadaw, R. B., Aditya, T. L., Karmakar, B., Satoh, K., Moumeni, A., Kikuchi, S., Leungh, H., Kumar, A. 2013. Genetic, physiological and gene expression analyses reveal that multiple QTL enhance yield of rice megavariety IR64 under drought. Plusone. 8. Terryana, Rerenstradika Tizar., K. Nugroho., H. Rijzaani., P. Lestari. 2018. Karakterisasi keragaman genetic 27 genotipe cabai berdasarkan marka SSR (Simple Sequence Repeat). Jurnal Ilmu-ilmu Hayati 17(2) : 183-194. Talukdar,Preeti Rekha., S. Ratih.,K. Pathak.,S.K. Chetia. 2017. Population structure and marker-trait association in indigenous aromatic rice. Rice Science 24 (3) : 146-154. Uga Y, Okuno K, Yano M (2011) Dro1, a major QTL involved in deep rooting of rice under upland field conditions. J Exp Bot 62:2485–2494. Uga, Yusaku., Kazuhiko S., Satoshi O., Jagadish R., Manabu I., Naho H., Yuka K., Yosiai I., Kazuko O., Noriko K., Haruhiko I., Hinako T., Ritsuko M., Yoshiaki N., Jianzhong W., Takashi M., Toshiyuki T., Kazutoshi O., Masahiro Y. 2013. Control of root system architecture by DEEPER ROOTING 1 increases rice yield under drougt conditions. Nature genetic 45(9): 1097-1101 Yohana, Kesia., Adisyahputra., Kurniawan R.T. 2018. Validasi QTL dan aplikasinya unt perbaikan sifat toleran keracunan Al pada padi (Oryza sativa L.). BIOMA 14(1): 38-48.

DOI: https://doi.org/10.22146/veg.62704