Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu Annealing dalam Mendeteksi Gen Leptin pada Sapi Peranakan Ongole (PO) Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR)

https://doi.org/10.22146/ijl.v4i1.65550

Retno Setyawati(1), Siti Zubaidah(2*)

(1) Fakultas Peternakan Universitas Gadjah Mada
(2) Fakultas Peternakan Universitas Gadjah Mada
(*) Corresponding Author

Abstract


Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA secara in vitro. Teknik PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi segmen DNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa jam. Setiap gen mempunyai primer dengan konsentrasi dan suhu annealing yang berbeda, sehingga perlu dilakukan optimasi konsentrasi primer dan suhu annealing agar didapatkan komposisi dan kondisi PCR yang sesuai sehingga mendapatkan hasil PCR yang optimal. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui konsentrasi primer gen Leptin yang menghasilkan produk PCR dengan band yang optimal dan suhu annealing sampel DNA sapi Peranakan Ongole yang menghasilkan produk PCR dengan band yang optimal. Penelitian ini menggunakan sampel darah sapi yang mengandung gen Leptin dengan ukuran produk PCR 467 bp. Penelitian ini sudah dilakukan optimasi variasi penggunaan konsentrasi primer dan suhu annealing. Penelitian ini menggunakan variasi konsentrasi primer 5μM dan 10 μM yang berasal dari primer stok 100μM, sedangkan suhu annealing PCR yang digunakan yaitu 56oC, 58oC, 60oC, dan 62oC yang dihitung berdasarkan (Tm-5)oC, dari rata-rata primer forward dan reverse. Produk PCR kemudian di elektroforesis dan dicek hasilnya pada UV transiluminator. Gambar hasil elektroforesis kemudian dibandingkan secara visual. Hasil yang didapat dari penelitian ini yaitu produk PCR gen Leptin yang menghasilkan band yang optimal dihasilkan pada konsentrasi primer 10μM dan suhu annealing 58oC.


Keywords


Elektroforesis; Konsentrasi primer; Suhu annealing; Optimasi

Full Text:

PDF


References

Gelfand, D. H and White, T. J. 1990. Thermostable DNA Polymerase for PCR Protocols: A Guide to Methods and Aplications. San Diego: Academic Press Inc.

 Handoyo, D dan Rudiretna, A. 2001. Prinsip Umum dan Pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR). Unitas. 9 (1): 17-29.

 Mullis,K. B. 1990. The unusual origin of the polymerase chain reaction. Scient. Am. 262 (4): 56-65.

 Padmalatha, K dan Prasad, MNV. 2006. Optimization of DNA Isolation dan PCR protocol for RAPD Analisys of Selected Medicinal and aromatic Plant of Conservation Concern from Peninsular India. African Journal of Biotechnology. 5 (3):  230-234.

 Pertiwi, NPN., Mahardika, IGNK, dan Watininiasih, NL. 2015. Optimasi Amplifikasi DNA Menggunakan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction) Pada Ikan Karang Anggota Famili Pseudochromidae (DOTTYBACK) untuk Identifikasi Spesies Secara Molekular. Jurnal Biologi. 19(2): 1-5.

 Sambrook, J; Fritsch EF, and Maniatis,T. 1989. Molekular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, USA.



DOI: https://doi.org/10.22146/ijl.v4i1.65550

Article Metrics

Abstract views : 185 | views : 23

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2021 Indonesian Journal of Laboratory

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.


 

View My Stats