Karakterisasi Gen Non Struktural 1 (NSI) Virus Avian Influenza pada Isolat Itik Tahun 2013
Nur Khusni Hidayanto(1*), Widya Asmara(2), Michael Haryadi Wibowo(3)
(1) Balai Besar Pengujian Mutu dan Sertifikasi Obat Hewan, Bogor
(2) Bagian Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran Hewan, UGM
(3) Bagian Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran Hewan, UGM
(*) Corresponding Author
Abstract
Residu C-terminal protein NS1 virus avian influenza subtype H5N1 perlu dikaji karena mempengaruhi patogenisitas dan virulensi virus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui motif asam amino pada C-terminal protein nonstruktural 1 (NS1) virus avian influenza yang menyerang itik pada tahun 2013. Sampel berasal dari kasus AI pada itik di Tulungagung dan Blitar pada tahun 2013. Isolasi virus menggunakan telur berembrio tertunas ayam. Identifikasi virus AI subtipe H5N1 menggunakan teknik reverse transcription polimerase chain reaction (RT-PCR) dengan primer H5 (Lee et al., 2001) dengan target amplifikasi 545 bp dan primer N1 (Payungporn et al., 2004) dengan target amplifikasi 131 bp. Amplifikasi gen NS1 menggunakan RT-PCR dengan 2 pasang primer (Bannet-Noah et al., 2007) yang didesain mengamplifikasi gen NS dan dilanjutkan proses sekuensing gen NS1. Sekuen yang diperoleh dianalisa dengan menggunakan software MEGA 5.05 yang meliputi multiple alignment, prediksi asam amino dan analisis pohon filogenetik. Hasil sekuen isolat diperoleh panjang nukleotida yang mengkode protein NS1 sepanjang 690 nt. Hasil analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa ke lima isolat uji tidak berada satu grup dengan dengan isolat asal Indonesia tahun 2003- 2008 dan berdekatan dengan klaster virus AI yang berasal dari Asia clade 2.3.2. Pada semua isolat tahun 2013 ditemukan delesi asam amino pada posisi 80-84, substitusi asam amino D92E, asam amino 149 semua isolat mempunyai asam amino alanine (A), asam amino ke 196 ditemukan adanya variasi substitusi berupa lysine (K) dan glutamic acid (E) dan asam amino pada gen NS1 mempunyai motif ESEV pada posisi PDZ ligand.
Keywords
Full Text:
PDFReferences
Daftar Pustaka
Anonim. 2011. FAO-OIE-WHO Technical
Update:Current evolution of avian influenza
H 5 N 1 v i r u s e s ( 7 S e p t e m b e r 2 0 11 ) .
http://www.fao.org/docrep/014/al874e/al874e
Anonim. 2012. Update Perkembangan Kasus Avian
Influenza (AI) pada Unggas Kondisi s/d 31
November 2012. Direktorat Jenderal
P e t e r n a k a n d a n K e s e h a t a n H e w a n .
K e m e n t e r i a n P e r t a n i a n .
http://ditjennak.deptan.go.id/index.php?page=
berita&action=detail&idberita=366
Baez M., Zazra J. J., Elliot R. M., Young J. F. And
Palese P. 1981. Nucleotide Sequence of the
Influenza A/duck/Alberta/GO/ 76 Virus NS
RNA: Conservation of the NSl INS2
Overlapping Gene Structure in a Divergent
Influenza Virus RNA Segment. Virology 113:
-402.
Karakterisasi Gen Non Struktural 1 (NSI) Virus Avian Influenza
Banet-Noach C., Panshin A., Golender N.,
Simanov L., Rozenblut E., Pokamunski S.,
Pirak M., Tendler Y., Garcia M., Gelman B.,
Pasternak R. and Perk S. 2007. Genetic
analysis of nonstructural genes (NS1 and NS2)
of H9N2 and H5N1 viruses recently isolated in
Israel. Virus Genes. 34:157–168.
Damayanti R., Dharmayanti N.L.P.I., Indriani R.,
Wiyono A. dan Darminto. 2004. Deteksi Virus
Avian Influenza Subtipe H5N1 pada Organ
Ayam yang Terserang Flu Burung Sangat
Patogenik di Jawa Timur dan Jawa Barat
d e n g a n Te k n i k I m u n o h i s t o k i m i a .
JITV9(3):197-203.
Dwe Jong M.D. and Hien T.T. 2006. Avian influenza
A (H5N1)(review). Journal of Clinical
Virology 35:2–13.
Dharmayanti N.L.P.I. 2009. Molecular Analysis of
H5N1 Avian Influenza Virus from Avian
Species: Compared with Genbank Data of the
Indonesian H5N1 Human Cases. Microbiology
Indonesia. 3(2):77-84.
Dharmayanti N.L.P.I., Diwyanto K. dan Bahri S.
Mewaspadai Perkembangan Avian
Influenza (AI) dan Keragamana Genetik Virus
AI/H5N1 di Indonesia. Pengembangan Inovasi
Pertanian 5(2):124-141.
Dharmayanti N.L.P.I., Hartawan R., Hewajuli D.A.,
Hardiman, Wibawa H. dan Pudjiatmoko. 2013.
Karakteristik Molekuler dan Patogenesis Virus
H5N1 clade 2.3.2 asal Indonesia. JITV 18(2):
-113.
Dharmayanti N.L.P.I., Hartawan R., Pudjiatmoko,
Wibawa H., Hardiman, Balish A., Donis R.,
Davis C.T. and Samaan G. 2014.Genetic
Characterization of Clade 2.3.2.1 Avian
Influenza A(H5N1) Viruses, Indonesia, 2012.
E m e r g i n g I n f e c t i o u s D i s e a s e s .
www.cdc.gov/eid. 20(4): 671-674.
Dundon, W. G., and Capua, H. 2009. A closer look at
the NS1 of influenza virus. Viruses 1: 1057-
Garcia-sastre, A., A. Egorov, D. Matassov, S. Brandt,
D. E. Levy, J. E. Durbin, P. Palese, and T.
Muster. 1998. Influenza A virus lacking the
NS1 gene replicates in interferon-deficient
systems. Virology 252: 324-330.
Horimoto T. and Kawaoka Y. 2001. Pandemic
Threat Posed by Avian Influenza A Viruses.
C l i n i c a l M i c r o b i o l o g y r e v i e w s .
(1):129–149.
Jackson D., Hossain M.J., Hickman D., Perez D.R.
and Lamb R.A. 2008. A New Influenza Virus
Virulence Determinant: The NS1 Protein Four
C - T e r m i n a l R e s i d u e s M o d u l a t e
Pathogenicity.Proceedings of the National
Academy of Sciences of the United States of
America105(11):4381-4386.
Lee M.S., Chang P. C., Shien J. H., Cheng M. C. And
Shieh H. K. 2001. Identification and subtyping
of avian influenza viruses by reverse
transcription-PCR. Journal of Virological
Methods 97:13-22.
Payungporn S., Phakdeewirot P., Chutinimitkul S.
and Theamboonlers A. 2004. Single-step
multiplex reversetranscription-polymerase
chain reaction (RT-PCR) forinfluenza A virus
subtype H5N1 detection. Viral Immunol.
:588–593.
Qian X., Alonso-Caplen F., and Krug R.M. 1994.
Two Functional Domains of the Influenza Virus
NS1 Protein Are Required for Regulation of
Nuclear Export of mRNA. Journal Of Virology.
(4):2433-2441.
Soubies M.S., Volmer C., Croville G., Loupias J.,
Peralta B., Costes P., Lacroux C., Gue´rin J.,
and Volmer R. 2009. Species-Specific
Contribution of the Four C-Terminal Amino
Acids of Influenza A Virus NS1 Protein to
Virulence. Journal of Virology. 84(13):6733-
Webster R.G., Bean W.J., Gorman O.T., Chambers
T.M. and Kawaoka Y. 1992. Evolution and
E c o l o g y o f I n f l u e n z a A Vi r u s e s .
Microbiological Reviews. 56(1):152-179
Wibawa H., Prijono W.B., Dharmayanti N.L.P.I.,
Irianingsih S.H., Miswati Y., Rohmah A.,
Andesya E., Romlah, Daulay R.S.D., dan
Safitri K. 2012. Investigasi wabah penyakit
pada itik di Jawa Tengah, Yogyakarta dan Jawa
Timur : Identifikasi sebuah clade baru virus
Avian Influenza subtype H5N1 di Indonesia.
Buletin Laboratorium Veteriner BBVet Wates.
(4):2-9.
Nur Khusni Hidayanto et al.
Zhu Q., Yang H., Chen W., Cao W., Zhong G., Jiao P.,
Deng G., Yu K., Yang C., Bu Z., Kawaoka Y.
and Chen H. 2008. A Naturally Occuring
Deletion in Its NS Gene Contributes to the
Attenuation of an H5N1 Swine Influenza Virus
in Chickens. Journal of Virology. 82(1):220-
Zielecki F., Semmler I.,Kalthoff D., Voss., Mauel S.,
Gruber A.D., Beer M. and Wolff. 2010.
Virulence Determinants of Avian H5N1
Influenza A virus in Mammalian and Avian
Hosts: Role of the C-Terminal ESEV Motif in
the Viral NS1 Protein. Journal of Virology.
(20):10708-10718.
DOI: https://doi.org/10.22146/jsv.17919
Article Metrics
Abstract views : 2315 | views : 2802Refbacks
- There are currently no refbacks.
Copyright (c) 2017 Jurnal Sain Veteriner
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
Jurnal Sain Veteriner Indexed by
Copyright of JSV (Jurnal Sain Veteriner) ISSN 0126-0421 (print), ISSN 2407-3733 (online).
Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Gadjah Mada
Jl. Fauna No.2, Karangmalang, Yogyakarta
Phone: 0274-560862
Fax: 0274-560861
Email: jsv_fkh@ugm.ac.id
HP. 0895363078367
Jurnal Sain Veteriner is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
View My Stats