Karakterisasi Gen Non Struktural 1 (NSI) Virus Avian Influenza pada Isolat Itik Tahun 2013

https://doi.org/10.22146/jsv.17919

Nur Khusni Hidayanto(1*), Widya Asmara(2), Michael Haryadi Wibowo(3)

(1) Balai Besar Pengujian Mutu dan Sertifikasi Obat Hewan, Bogor
(2) Bagian Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran Hewan, UGM
(3) Bagian Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran Hewan, UGM
(*) Corresponding Author

Abstract


Wabah avian influenza (AI) di Indonesia telah terjadi sejak akhir tahun 2003 dan masih terjadi secara endemis sampai sekarang. Pada akhir tahun 2012 terjadi kasus kematian yang cukup tinggi pada itik yang disebabkan penyakit AI subtipe H5N1 yang diklasifikasikan ke dalam clade 2.3.2, sedangkan virus AI sebelumnya diklasifikasikan pada clade 2.1.1, 2.1.2 dan 2.1.3. Salah satu yang berperan dalam virulensi penyakit AI adalah motif asam amino C-terminal protein nonstruktural1 (NS1). Analisis sekuens virus influenza terutama protein nonstruktural 1 (NS1) yang berasal dari unggas mempunyai motif asam amino ESEV pada Cterminal sedang pada virus influenza manusia mempunyai motif RSKV pada C-terminal. Data sekuen NS1 untuk virus AI terbaru belum lengkap sehingga perlu disekuen untuk melengkapi data molekuler NS1 virus AI.
Residu C-terminal protein NS1 virus avian influenza subtype H5N1 perlu dikaji karena mempengaruhi patogenisitas dan virulensi virus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui motif asam amino pada C-terminal protein nonstruktural 1 (NS1) virus avian influenza yang menyerang itik pada tahun 2013. Sampel berasal dari kasus AI pada itik di Tulungagung dan Blitar pada tahun 2013. Isolasi virus menggunakan telur berembrio tertunas ayam. Identifikasi virus AI subtipe H5N1 menggunakan teknik reverse transcription polimerase chain reaction (RT-PCR) dengan primer H5 (Lee et al., 2001) dengan target amplifikasi 545 bp dan primer N1 (Payungporn et al., 2004) dengan target amplifikasi 131 bp. Amplifikasi gen NS1 menggunakan RT-PCR dengan 2 pasang primer (Bannet-Noah et al., 2007) yang didesain mengamplifikasi gen NS dan dilanjutkan proses sekuensing gen NS1. Sekuen yang diperoleh dianalisa dengan menggunakan software MEGA 5.05 yang meliputi multiple alignment, prediksi asam amino dan analisis pohon filogenetik. Hasil sekuen isolat diperoleh panjang nukleotida yang mengkode protein NS1 sepanjang 690 nt. Hasil analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa ke lima isolat uji tidak berada satu grup dengan dengan isolat asal Indonesia tahun 2003- 2008 dan berdekatan dengan klaster virus AI yang berasal dari Asia clade 2.3.2. Pada semua isolat tahun 2013 ditemukan delesi asam amino pada posisi 80-84, substitusi asam amino D92E, asam amino 149 semua isolat mempunyai asam amino alanine (A), asam amino ke 196 ditemukan adanya variasi substitusi berupa lysine (K) dan glutamic acid (E) dan asam amino pada gen NS1 mempunyai motif ESEV pada posisi PDZ ligand.

Keywords


C-terminal, NS1, Avian Influenza, Itik.

Full Text:

PDF


References

Daftar Pustaka

Anonim. 2011. FAO-OIE-WHO Technical

Update:Current evolution of avian influenza

H 5 N 1 v i r u s e s ( 7 S e p t e m b e r 2 0 11 ) .

http://www.fao.org/docrep/014/al874e/al874e

pdf

Anonim. 2012. Update Perkembangan Kasus Avian

Influenza (AI) pada Unggas Kondisi s/d 31

November 2012. Direktorat Jenderal

P e t e r n a k a n d a n K e s e h a t a n H e w a n .

K e m e n t e r i a n P e r t a n i a n .

http://ditjennak.deptan.go.id/index.php?page=

berita&action=detail&idberita=366

Baez M., Zazra J. J., Elliot R. M., Young J. F. And

Palese P. 1981. Nucleotide Sequence of the

Influenza A/duck/Alberta/GO/ 76 Virus NS

RNA: Conservation of the NSl INS2

Overlapping Gene Structure in a Divergent

Influenza Virus RNA Segment. Virology 113:

-402.

Karakterisasi Gen Non Struktural 1 (NSI) Virus Avian Influenza

Banet-Noach C., Panshin A., Golender N.,

Simanov L., Rozenblut E., Pokamunski S.,

Pirak M., Tendler Y., Garcia M., Gelman B.,

Pasternak R. and Perk S. 2007. Genetic

analysis of nonstructural genes (NS1 and NS2)

of H9N2 and H5N1 viruses recently isolated in

Israel. Virus Genes. 34:157–168.

Damayanti R., Dharmayanti N.L.P.I., Indriani R.,

Wiyono A. dan Darminto. 2004. Deteksi Virus

Avian Influenza Subtipe H5N1 pada Organ

Ayam yang Terserang Flu Burung Sangat

Patogenik di Jawa Timur dan Jawa Barat

d e n g a n Te k n i k I m u n o h i s t o k i m i a .

JITV9(3):197-203.

Dwe Jong M.D. and Hien T.T. 2006. Avian influenza

A (H5N1)(review). Journal of Clinical

Virology 35:2–13.

Dharmayanti N.L.P.I. 2009. Molecular Analysis of

H5N1 Avian Influenza Virus from Avian

Species: Compared with Genbank Data of the

Indonesian H5N1 Human Cases. Microbiology

Indonesia. 3(2):77-84.

Dharmayanti N.L.P.I., Diwyanto K. dan Bahri S.

Mewaspadai Perkembangan Avian

Influenza (AI) dan Keragamana Genetik Virus

AI/H5N1 di Indonesia. Pengembangan Inovasi

Pertanian 5(2):124-141.

Dharmayanti N.L.P.I., Hartawan R., Hewajuli D.A.,

Hardiman, Wibawa H. dan Pudjiatmoko. 2013.

Karakteristik Molekuler dan Patogenesis Virus

H5N1 clade 2.3.2 asal Indonesia. JITV 18(2):

-113.

Dharmayanti N.L.P.I., Hartawan R., Pudjiatmoko,

Wibawa H., Hardiman, Balish A., Donis R.,

Davis C.T. and Samaan G. 2014.Genetic

Characterization of Clade 2.3.2.1 Avian

Influenza A(H5N1) Viruses, Indonesia, 2012.

E m e r g i n g I n f e c t i o u s D i s e a s e s .

www.cdc.gov/eid. 20(4): 671-674.

Dundon, W. G., and Capua, H. 2009. A closer look at

the NS1 of influenza virus. Viruses 1: 1057-

Garcia-sastre, A., A. Egorov, D. Matassov, S. Brandt,

D. E. Levy, J. E. Durbin, P. Palese, and T.

Muster. 1998. Influenza A virus lacking the

NS1 gene replicates in interferon-deficient

systems. Virology 252: 324-330.

Horimoto T. and Kawaoka Y. 2001. Pandemic

Threat Posed by Avian Influenza A Viruses.

C l i n i c a l M i c r o b i o l o g y r e v i e w s .

(1):129–149.

Jackson D., Hossain M.J., Hickman D., Perez D.R.

and Lamb R.A. 2008. A New Influenza Virus

Virulence Determinant: The NS1 Protein Four

C - T e r m i n a l R e s i d u e s M o d u l a t e

Pathogenicity.Proceedings of the National

Academy of Sciences of the United States of

America105(11):4381-4386.

Lee M.S., Chang P. C., Shien J. H., Cheng M. C. And

Shieh H. K. 2001. Identification and subtyping

of avian influenza viruses by reverse

transcription-PCR. Journal of Virological

Methods 97:13-22.

Payungporn S., Phakdeewirot P., Chutinimitkul S.

and Theamboonlers A. 2004. Single-step

multiplex reversetranscription-polymerase

chain reaction (RT-PCR) forinfluenza A virus

subtype H5N1 detection. Viral Immunol.

:588–593.

Qian X., Alonso-Caplen F., and Krug R.M. 1994.

Two Functional Domains of the Influenza Virus

NS1 Protein Are Required for Regulation of

Nuclear Export of mRNA. Journal Of Virology.

(4):2433-2441.

Soubies M.S., Volmer C., Croville G., Loupias J.,

Peralta B., Costes P., Lacroux C., Gue´rin J.,

and Volmer R. 2009. Species-Specific

Contribution of the Four C-Terminal Amino

Acids of Influenza A Virus NS1 Protein to

Virulence. Journal of Virology. 84(13):6733-

Webster R.G., Bean W.J., Gorman O.T., Chambers

T.M. and Kawaoka Y. 1992. Evolution and

E c o l o g y o f I n f l u e n z a A Vi r u s e s .

Microbiological Reviews. 56(1):152-179

Wibawa H., Prijono W.B., Dharmayanti N.L.P.I.,

Irianingsih S.H., Miswati Y., Rohmah A.,

Andesya E., Romlah, Daulay R.S.D., dan

Safitri K. 2012. Investigasi wabah penyakit

pada itik di Jawa Tengah, Yogyakarta dan Jawa

Timur : Identifikasi sebuah clade baru virus

Avian Influenza subtype H5N1 di Indonesia.

Buletin Laboratorium Veteriner BBVet Wates.

(4):2-9.

Nur Khusni Hidayanto et al.

Zhu Q., Yang H., Chen W., Cao W., Zhong G., Jiao P.,

Deng G., Yu K., Yang C., Bu Z., Kawaoka Y.

and Chen H. 2008. A Naturally Occuring

Deletion in Its NS Gene Contributes to the

Attenuation of an H5N1 Swine Influenza Virus

in Chickens. Journal of Virology. 82(1):220-

Zielecki F., Semmler I.,Kalthoff D., Voss., Mauel S.,

Gruber A.D., Beer M. and Wolff. 2010.

Virulence Determinants of Avian H5N1

Influenza A virus in Mammalian and Avian

Hosts: Role of the C-Terminal ESEV Motif in

the Viral NS1 Protein. Journal of Virology.

(20):10708-10718.



DOI: https://doi.org/10.22146/jsv.17919

Article Metrics

Abstract views : 824 | views : 429

Refbacks

  • There are currently no refbacks.




Copyright (c) 2017 Jurnal Sain Veteriner

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

Jurnal Sain Veteriner Indexed by

    CrossrefROADCOREDimensions  JournalTOCs   


Copyright of JSV (Jurnal Sain Veteriner) ISSN 0126-0421 (print), ISSN 2407-3733 (online).

Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Gadjah Mada

Jl. Fauna No.2, Karangmalang, Yogyakarta

Phone: 0274-560862

Fax: 0274-560861

Email: jsv_fkh@ugm.ac.id

Jurnal Sain Veteriner is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

 

free
web stats View My Stats